Земля без соли
- Subscribers
- Post coverage
- ER - engagement ratio
Data loading in progress...
Data loading in progress...
Summary: Comparative genomic analysis often involves visualisation of alignments of genomic loci. While several software tools are available for this task, ranging from Python and R libraries to standalone graphical user interfaces, there is lack of a tool that offers fast, automated usage and the production of publication-ready vector images. Here we present LoVis4u, a command-line tool and Python API designed for highly customizable and fast visualisation of multiple genomic loci. LoVis4u generates vector images in PDF format based on annotation data from GenBank or GFF files. It is capable of visualising entire genomes of bacteriophages as well as plasmids and user-defined regions of longer prokaryotic genomes. Additionally, LoVis4u offers optional data processing steps to identify and highlight accessory and core genes in input sequences. Availability and Implementation: LoVis4u is implemented in Python3 and runs on Linux and MacOS. The command-line interface covers most practical use cases, while the provided…
В связи с этим у меня есть небольшая просьба, с которой я хочу к вам обратиться. Экспедиции к горячим источникам оказались очень плодотворными, и похоже, что из геномов фагов, которые заражают T. thermophilus, можно извлечь много всего интересного, и такие исследования хотелось бы продолжить. Когда я искал геномные последовательности, хоть сколько-то похожие на геномы вирусов, которых мы выделили, несколько таких последовательностей нашлось в опубликованных метагеномах компоста. Дело в том, что компостные кучи на определенной стадии разложения сильно разогреваются, и температура в них поднимается выше 60 С – достаточно, чтобы там начали размножаться гипертермофильные бактерии. Поскольку компостные кучи встречаются гораздо чаще, чем горячие источники, мы хотим попробовать выделить новых фагов из такого компоста. Поэтому, если вы являетесь обладателем дымящейся от жара компостной кучи и готовы поделиться этим бесценным материалом с нами (нам много не нужно, пару граммов в пробирке достаточно) – напишите мне…
Your current plan allows analytics for only 5 channels. To get more, please choose a different plan.